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どーでしょーねー

月曜日、今日もJR琵琶湖線は朝から人身事故で遅れ。事故が事故を呼んでいるのか、あるいは、最近の滋賀県はモラルが下がっているのか・・・。

先週末に遭遇したRのエラーと格闘する。というか、ソースをぼへーっと眺める。行列のサイズが5000x5000を越えたあたりでしかエラーが発生しないので、バグを再現するだけで計算に4時間ほどかかってしまう。
ATLASライブラリを導入してみてはと提案される。ATLASをインストールしかけたところで、午前中に走らせた結果が出る。やはりメモリーエラー。しかも行列足しているだけでエラーが出ている。こうなっては、ATLAS以前の問題だ。頭を抱える。

と、そこで別件。Aさんからまた直しの依頼。論文のレフリーがアクセスするからアップデートできないだろ と返答する。依頼は五分でも、コーディングには半日以上かかるんじゃ~。Aさんの仕事はとりあえず、置いといて、Rのメモリ問題に戻って悩む。

Rのメモリ圧迫を減らすアイデアがあるにはあるのだけれど、欠点は、CGIを大幅に変更する必要がある。計算時間が犠牲になる。やってもダメな可能性がある。なので、どうにも踏み切れなかった。
したところ 就業時間終了間際になって、先週導入されたマシンのインストールが終ったと連絡がある。そちらの方にシステムを移行してみた。

結果、計算時間が半分に短縮された上、エラーもでなくなった様だ。なんという事でしょう。しかし、人とか植物とかゲノムの多い生物種だと、エラー出るよーな気がする。
悩んだ結果。高速化するための目処みたいなものは見えて来たが、それを実現するための時間が無い。

とりあえず、三個仕事が平行している上、ドキュメント化も依頼されているのに、実質、二週間半しか時間がない。困ったなぁ。
まだ見ぬ後任の人、あとよろしく。きっと~ あなたは~ ソース見て 怒る~。でもーそれはー。僕のせいじゃないんだな~



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Comment

R

Rのお仕事では、ご迷惑をおかけしているようですみません。
僕も、5000x5000ぐらいで、たいていお亡くなりになっていました。
ところで、ATLASって何ですか?

Automatically Tuned Linear Algebra Software です。大規模行列等の線形計算が早くなるのですが、問題はそれ以前に行列が読みこめないところなので、まだご利益が無いです。

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すきなもの 弓道、神社、いぬ、和服、児童文学、抹茶、煎茶、紅茶、日本庭園、膨らみ袖の服、冬、雪、和菓子、雅楽、おフランス、ベレー帽、サイエンス

ルーブル美術館へ行って、窓から中をのぞくだけ
ブルゴーニュへ行ったのもかかわらず、ペットボトルのワインを飲む。
でもアンヴァリッド(軍事博物館)には2回行きました。
そんな人です。あたくしは

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